En un mundo de fantasía denominado Thra (nombre que no se menciona en la película, pero sí en la novelización de la misma realizada por A. C. H. Smith) los Skeksis, una raza cruel, malvada y opresora, ejercen su dominio sobre el resto de las criaturas gracias al Cristal Oscuro, una piedra fracturada hace mil años que, completa, permite un equilibrio justo, pero en su estado actual proporciona un inmenso y maléfico poder a aquel que la posee. Jen, un Gelfling supuesto como último miembro de su especie, recibe la misión de recuperar el fragmento de cristal perdido, restaurando la roca ahora incompleta y devolviendo así la ansiada paz a Thra.
Resulta llamativo al echar la vista atrás que una película que hoy goza de gran predicamento entre los aficionados al fantástico fuese despreciada en el momento de su estreno tanto por la crítica como por el público, llegando a considerarse un fracaso de taquilla. Ese presunto revés fue achacado por aquel entonces a determinados elementos oscuros del relato (por ejemplo, cada Skeksi se identifica con un pecado capital) que alejaban al filme de la supuesta audiencia potencial a la que iba dirigido: los niños.
Además, el estreno de E.T.: El extraterrestre, Steven Spielberg, 1982, que se produjo poco después del de la película de Henson, acabó con las opciones de ésta de conseguir una taquilla acorde con sus aspiraciones, pues la historia de aquella, sencilla, emotiva y moralista, resulta mucho más cercana para la audiencia infantil.
Los momentos dignos de ser recordados se suceden a lo largo de un filme que resulta sumamente original (se trata de la primera película de acción real en la que no aparece un solo ser humano). Así, la voz del narrador nos cuenta lo sucedido con el Cristal Oscuro hace un milenio, mientras la cámara se acerca al lóbrego palacio de los Skeksis, atravesando una llanura árida y desértica iluminada por los rayos que caen de un cielo sombrío y tormentoso, sumido en la negrura de la noche. Un plano muestra los interiores de la fortaleza, recreándose en los detalles en miniatura, mientras los Skeksis se reúnen alrededor de la piedra, discutiendo sobre la sucesión de un líder que aún sigue con vida, aunque agonizante (el score de Trevor Jones acompaña de forma brillante tanto este momento como los sucesivos). Sin solución de continuidad sobrevendrá la presentación de los Mystics, el reverso luminoso de los Skeksis. De acertado se puede calificar el hecho de que ambas razas sean las dos caras de una misma moneda, el Cristal Oscuro, opuestas en aspectos éticos y morales, pero complementarias hasta el punto de que el sufrimiento de un miembro de una de ellas se ve reflejado en su equivalente del linaje contrario, mientras que la muerte de un individuo significa también la de su antagónico. Si la ruptura del mineral significó la separación de ambas castas, la reparación del mismo supondría su reunificación, recuperándose, de paso, el Igualmente destacable resulta la presentación de Jen, un Gelfling afable y bondadoso, rescatado por los Mystics de una muerte segura, pues su pueblo fue atacado y exterminado por los Skeksis cuando solo era un bebé. Sobrevenida de manera forzosa su condición de héroe, se ve obligado a partir en un viaje que se adivina sin retorno, pero gracias al cual descubrirá no ser el último miembro de una especie que parecía condenada a la extinción. Kira (Mullen), a la que conoce en el bosque, es otra Gelfling que le seguirá en su misión. El momento en el que ambos juntan sus manos, creándose una conexión que les permite ver lo sucedido con su pueblo en el pasado, parece una clara inspiración para el enlace que se produce entre los Na´Vi de Avatar, James Cameron, 2009, algo que vuelve a suceder en la conclusión, cuando Kira utiliza su vínculo con la Madre Naturaleza para que los animales luchen contra los Skeksis.
El punto humorístico es aportado por la bruja Aughra (Oz), cuya bondad es inversamente proporcional a su belleza, y que no duda en ayudar a la pareja protagonista. De todas formas, algunos aspectos como la extracción de la esencia de los Podling, otra de las razas de Thra, por parte de los Skeksis, que se sirven de la misma para rejuvenecer (las desvalidas criaturas son maniatadas ante el Cristal Oscuro, que extrae hasta la última gota de vida, convirtiéndolos en zombis de pelo canoso y ojos blanquecinos); o el fallido plan de rescate de los esclavos, que culmina con la muerte de las monturas de los protagonistas, añaden cierto tono macabro al relato. Pese a esos aspectos, el paso de los años y el descubrimiento del filme por un público más adulto y maduro otorgaron a Cristal oscuro el éxito que quizá mereció desde el principio.